В дифференциальном диагнозе следует иметь в виду затяжной септический эндокардит, но при узелковом периартериите отсутствуют присущие септическому эндокардиту ознобы. Нужно помнить и о лимфогрануломатозе; при узелковом периартериите нет характерных для него зуда, профузного пота.

Труден дифференциальный диагноз с лекарственной болезнью (ЛБ), представляющей своеобразную неспецифическую реакцию организма на применение обычных, иногда даже малых доз различных лекарств. При ЛБ особенно часто поражается кожа: возникают всевозможные ее изменения, включая синдром Лай-елла (токсический эпидермальный некролиз); характерны разнообразные поражения легких (бронхиальная астма, аллергический ринит, трахеит, бронхит, эозинофильные инфильтраты в легких) с эозинофилией в периферической крови (до 30-40%). Иногда отмечается прогрессирующий склероз по типу болезни Хаммен-Рича. Значительны при ЛБ изменения сердечно-сосудистой системы. Возможен лекарственный миокардит. При ЛБ поражаются и другие органы.
Дифференциальный диагноз узелкового периартериита с ЛБ не прост. Исключение последней возможно лишь при динамическом наблюдении, когда после отмены препарата отмечается постепенное улучшение.
Близок к узелковому периартерииту по клиническим проявлениям синдром Леффлера - эозинофильный коллагеноз, при котором выявляются значительная эозинофилия, резкое поражение сердца, быстро приводящее к его недостаточности.