При затяжном эндокардите наблюдаются гектическая лихорадка, ознобы, поты, спленомегалия, анемизация, поражение почек и геморрагический синдром. Однако все эти симптомы не постоянны, поэтому такой эндокардит трудно диагностируется. Характерны жалобы на слабость, утомляемость, снижение аппетита, исхудание. Температурная реакция разнообразна - от постоянно высокой до отдельных «свечек» или небольших эпизодических подъемов. Отмечаются и безлихорадочные варианты болезни.

Кожа обычно бледная с сероватым оттенком и небольшой желтушностью. Умеренно выражен геморрагический синдром, петехии на коже, мелкие геморрагии под ногтями, на переходной складке конъюнктивы глаза (симптом Либмана-Лукина), на слизистых рта; положительны тесты Румпель-Лее-де-Кончаловского. Если бактериальный эндокардит развивается в интактном сердце, постепенно выявляется картина формирующейся недостаточности аортального (чаще) или митрального клапана. Симптомы стенозирования могут появляться временно за счет того, что микротромбы суживают соответствующие отверстия.
При наличии предшествующих пороков присоединение бактериального эндокардита проявляется в изменении прежней (стабильной) шумовой картины. Аускультативные данные при текущем эндокардите динамичны: шумы в течение одного или нескольких дней меняют громкость, тембр и продолжительность. Наблюдаются шумы музыкального тембра: свист, скуление, посвист молодого петушка.