В дальнейшем поврежденные клетки организма, приобретающие антигенные свойства, соединяются с вновь образованными против них антителами, образуют нерастворимые иммунные комплексы, циркулирующие в крови. Они повреждают различные органы и ткани, причем повреждающими свойствами могут обладать как циркулирующие, так и фиксированные иммунные комплексы.

Возникающий иммунологический дискомфорт существует длительно, поскольку клетки выделяют множество гуморальных факторов, ингибирующих, в частности, функцию макрофагов; их разрушение способствует .высвобождению лизосомальных ферментов. Однако эти ферменты уже не в состоянии полностью растворять и «обезвреживать» иммунные комплексы, которых накапливается все больше. Обладая повреждающими свойствами, эти комплексы стимулируют дальнейшее формирование иммунопатологического процесса, поражают саму иммунную систему, становятся причиной различных аутоиммунных заболеваний (иммуно-комплексных).
Интенсивность и локализация возникающих органных изменений определяют особенности заболевания: иммунопатологический процесс преимущественно в сердце при ревматизме, в суставах при ревматоидном артрите; при манифестном аутоиммунном заболевании (системная красная волчанка) антитела возникают ко многим тканям и даже ядерному материалу клеток-лимфоцитов,
К аутоиммунным относится ряд заболеваний, в том числе и все так называемые ревматические болезни.