Различают иммунитет неспецифический (естественный) и специфический. Неспецифический иммунитет связан с филогенетически ранними механизмами защиты (в частности, с активностью макрофагов), которые захватывают биологически чужеродные частицы, подготавливая (путем ферментации) их для последующей обработки гуморальными системами естественного иммунитета (лизоцим, пропердин, факторы комплемента и др.).

Более совершенен специфический иммунитет с формированием строго специфических в своей структуре антител, направленных против конкретного антигена.
Основной системой специфического иммунитета является лимфоидная система: ее центральные органы - тимус и селезенка, периферические органы - лимфоузлы, лимфоидная ткань миндалин, аппендикса, пейеровых бляшек, ретикуло-гистиоцитарные элементы костного мозга, печени, легких.
Основную исполнительную роль играют лимфоидные клетки - Т- и В-лимфоциты. Считают, что Т-лимфоциты (дифференцируются в тимусе из стволовых клеток костного мозга) участвуют в клеточном иммунитете, а В-лимфоциты - в выработке гуморальных антител. На поверхности Т-лимфоцитов находятся особые маркерные антигены и различные рецепторы, играющие роль в распознавании чужеродных антигенов. В зависимости от функциональных особенностей различают Т-лимфоциты-помощники (helper).